生物学已经积累了相当丰富多样和复杂的数据。这些数据可以被分类，但相当难于综合以及用公式进行描述。随着生物学知识大量增加，要完成对数据的处理只能使用计算机。
国际上已建立起许多公共生物分子数据库，包括基区组图谱数据库、核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、生物大分子结构数据库等。
这些数据库由专门的机构建立和维护，他们负责收集组织、管理和发布生物分子数据，并提供数据检索和分析工具，向生物学研究人员提供大量有用的信息，更大限度地满足他们研究和应用的需要，为他们的研究服务。
但是数据库充斥着生物信息的每个角落，要弄清楚这个主题，首先要解释一下，在不同场合下“数据库”的不同含义，主要包含4个方面：
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数据库管理系统
DBMSs
数据库管理系统（Database management systems , DBMSs)是管理数据的软件系统，比如Oracle、MySQL、PostgreSQL、Sybase、DB2、MS SQL等等，其是数据库的容器，是管理数据库综合软件系统。
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数据库模式
DATABASE SCHEMA
数据库模式指特定数据库的设计，也就是其内容的组织方式，就关系型数据库来说，就是其表、表中的列，以及表之间关系的设计。
其可以在不同的数据库管理系统中实现，可以重复使用，构建不同的数据库应用。
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基于数据库的网站
DATABASE WEB SITE
常被我称为数据库信息系统，其后台以数据库作为支撑，所有信息都存储在数据库中，通过网页提供访问接口，实现对信息的查询管理，构成一个容易交互的信息系统。生物信息领域内常见的如：sFlyBase (http://flybase.org) ParameciumDB(http://paramecium.cgm.cnrs-gif.fr)等。
常说的生物信息数据库资源，也通常指的是该类别的数据库。
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数据库
DATABASE
在计算机中，其实任何以某种规则组织在一起的数据集，都可以称为数据库，比如经Formatdb格式化的fasta文件，就是Blast程序中所指的数据库。
不过许多情况下都使用一个数据库管理系统来组织数据，选择一个数据库管理系统，比如MySQL，设计好表、字段建立数据库模式，再将相关的数据存放进来，就是一个标准的数据库。
生物信息学中数据库模式
对于一个数据库，数据库管理系统是现成的，关键是学习如何使用，而对于业务本身，最为关键的就是数据库模式的设计，然后才是按照这种方式来组织数据，访问数据。
数据库模式的设计关系到数据库的可扩展性，可维护性，设计的不会有时会非常影响数据库性能。所以其要符合相关的范式标准。
生物信息学领域，许多问题存在共性，比如基因组数据库，我们如何来考虑诸多的数据，包括数据的各种属性，数据之间的关联设计出符合关系数据库范式的模式来，是个很有挑战的事情，即便你是数据库专家，是生物信息方面的专家。
不过这样的问题，已经有人给我们解决了，并且经过了很多的实践，模式得到检验，也开发出了很多操作这些数据库的工具，比如将不同格式的数据导入到数据库中。
综合的数据库模式
1CHADO
GMOD旗下，访问地址http://www.gmod.org/wiki/Chado，使用Postgres 数据库管理系统。主要包括的模块：
Ø Audit – for database audits 审计
Ø Comp***ysis – for data from computational ***ysis 数据分析
Ø Contact – for people, groups, and organizations 联系人、组、机构
Ø Controlled Vocabulary (cv) – for controlled vocabularies and ontologies 受控词汇与基因本体
Ø Expression – for summaries of RNA and protein expresssion 基因表达
Ø General – for identifiers 基因功能鉴定
Ø Genetic – for genetic data and genotypes 基因型
Ø Library – for descriptions of molecular libraries 基因文库
Ø Mage – for microarray data 芯片数据
Ø Map – for maps without sequence 图谱
Ø Organi*** – for taxonomic data 物种分类数据
Ø Phenotype – for phenotypic data 表型数据
Ø Phylogeny – for organi***s and phylogenetic trees 系统发育树
Ø Publication (pub) – for publications and references 文献
Ø Sequence – for sequences and sequence features 序列及其shujkctions 组织样本资源
2BIOSQL
主页 http://biosql.org/wiki/Main_Page ，支持MySQL, PostgreSQL, Oracle, HSQLDB等。
BioSQL is a generic relational model covering sequences, features, sequence and feature annotation, a reference taxonomy, and ontologies (or controlled vocabularies).
包含的模块：
Ø Sequence 序列
Ø Sequence annotation 序列注释
Ø Phylogeny 系统发育
Ø Publications 文献
3ENSEMBL
详细说明参见：http://www.ensembl.org/info/docs/api/funcgen/funcgen_schema.html
领域内的数据库模式
Ø GFF数据库，主要用于GBrowse
-Bio::DB::GFF
-Bio::DB::SeqFeature
Ø GO Gene Ontology 基因本体论数据库，适合对于基因进行GO分类与统计；
Ø Taxonomy NCBI的物种分类数据库，可以通过下载的DMP文件，反推得到；
Ø PFAM
Ø Gene NCBI基因数据库
Ø KEGG
Ø SRS
Ø OBDA http://obda.open-bio.org
Ø Pearson Lab databases (seqdb, egads):ftp://ftp.virginia.edu/fastardb/
启帆医学BioSCI, 医路漫漫，启帆相伴，和小助理一起在科研的海洋里乘风破浪，在论文的丛林里百步穿杨，我可以，你也可以！
