头孢呋辛酯和头孢克肟都属于头孢菌素类的抗菌药物，但不同的是，头孢呋辛属于第二代头孢菌素，头孢克肟属于第三代头孢菌素，总体来说，对革兰阳性菌的抗菌活性，二代头孢菌素要优于三代头孢菌素，而对于革兰阴性菌的抗菌作用，三代头孢菌素要强于二代头孢菌素，二代头孢菌素口服品种主要包括头孢呋辛，头孢克洛 ，头孢丙烯，三代头孢菌素的口服品种主要包括头孢克肟，头孢地尼等，两大类头孢菌素因抗菌谱不同，在适应症方面也有所区别。
呼吸道感染
呼吸道感染主要包括细菌性扁桃体炎、咽炎、耳鼻喉感染等上呼吸道感染以及支气管炎，肺炎等下呼吸道感染，急性细菌性扁桃体炎、咽炎的主要致病菌为溶血性链球菌，这是一种革兰阳性球菌，以头孢呋辛为代表的二代头孢菌素对阳性球菌的抗菌活性高于以头孢克肟为代表第三代头孢菌素，因此，治疗细菌性扁桃体炎，头孢呋辛的作用强与头孢克肟，而在治疗支气管扩张等结构性肺病、糖尿病患者的肺部感染时，由于这类人群存在不同程度的免疫功能低下，引起感染的致病菌以肺炎克雷伯菌等革兰阴性菌多见，尤其是静脉使用抗菌药物治疗后改为口服的序贯治疗中，选择头孢克肟比头孢呋辛酯更有优势，
泌尿系感染
引起尿道炎，膀胱炎等尿路感染的常见致病菌为大肠埃希菌，这是一种革兰阴性细菌，以头孢克肟为代表的三代头孢菌素对革兰阴性菌的抗菌活性强与二代头孢菌素，因此治疗泌尿系感染头孢克肟的抗菌作用要强于头孢呋辛。
皮肤软组织感染
毛囊炎，疖，痈，脓包病，丹毒，乳腺炎等皮肤软组织细菌感染以及切割伤等伤口感染的主要致病菌为金黄色葡萄球菌，二代头孢菌素中的头孢呋辛对金葡菌的抗菌活性高于头孢克肟，头孢克肟不适用于以金黄色葡萄球菌为主要致病菌的门诊皮肤软组织感染的经验治疗，复杂性皮肤软组织感染，如糖尿病足，致病菌常为混合感染，有革兰阴性菌的参与，此种情况下可酌情根据患者的具体情况选择头孢克肟。
感染性腹泻
引起感染性腹泻的常见致病菌为沙门氏菌以及志贺菌属，也有一部分产肠毒素的大肠埃希菌，首选的抗菌药物品种为左氧氟沙星等喹诺酮类药物，某些对喹诺酮类药物禁忌症和不耐受的患者也可以选择头孢曲松，头孢噻肟等注射剂型的三代头孢菌素，或者口服头孢克肟，头孢呋辛酯等二代头孢菌素对沙门菌属和志贺菌属不敏感，对大肠埃希菌的抗菌或者弱于头孢克肟，不适合治疗感染者腹泻。
